Stosowanie biofiltracji pozwala na redukcję organicznych związków lotnych o ponad 90%, a odorów o ponad 95 %. Odnotowuje się typowe redukcje zanieczyszczeń na poziomie 90-95 % dla powietrza zawierającego poniżej 2-3 g związków węgla w 1 m3. Wynoszą one, odpowiednio:

•      dla związków alifatycznych - pow. 95 %
•      dla rozpuszczalników chlorowanych - pow. 90 %
•       dla gazów pochodzenia siarkowego - pow. 95 %
•      dla terpenów - pow. 98 %
•       organicznych związków lotnych - pow. 90 %
•       odorów - pow. 95 %

Należy zaznaczyć, że skuteczność biofiltracji jest funkcją zdolności biodegradacji, koncentracji zanieczyszczeń i wielkości przepływu gazów, a także parametrów projektowych, w tym wielkości biofiltra i temperatury. W krajach wysoko uprzemysłowionych (np. w Niemczech) skuteczność biofiltracji określa się stosując metodykę pomiarów krótkotrwałych. Pomiar dokonuje się za pomocą rurki wskaźnikowej Dräger'a. Zmierzona wartość wskazuje bieżące stężenie w chwili dokonania pomiaru.